Mis en place le 1er janvier 2007, l'HFR réunit cinq établissements somatiques publics du canton de Fribourg : l'HFR Billens, l'HFR Fribourg – Hôpital cantonal, l'HFR Meyriez-Murten, l'HFR Riaz et l'HFR Tafers. Chacun de ces sites hospitaliers – conduits par une direction unique – a reçu des missions spécifiques via la planification hospitalière cantonale. Cette nouvelle union de compétences garantit, grâce aux synergies engendrées, une gamme complète de soins de haute qualité à des coûts maîtrisés pour l'ensemble de la population fribourgeoise.
Le plan de formation, y compris le temps nécessaire à disposition pour le réaliser, fait partie intégrante du contrat. Il est basé sur la réglementation pour la formation post-graduée élaborée par la FMH.